После Реформации, когда различные ответвления Христианства приобрели достаточное количество постоянных приверженцев и, таким образом, стали новыми религиозными течениями, практически все они познали, что такое крайняя нетерпимость. Гуттеритам, последователям Якоба Гуттера, первоначально появившимся в Тироле, постоянно приходилось сражаться и скрываться то в одном месте, то в другом, скитаясь по Центральной Европе. Квакеры в Англии страдали от постоянных преследований в конце XVII века, а многие из них были заключены в тюрьму за свои убеждения. В XVIII веке целые толпы избивали первых Методистов и сжигали их церкви. Местные служители порядка и представители городской администрации нередко принимали участие в подобных расправах, поощряя эти массовые нападения и представляя законопослушных верующих виновниками беспорядков, а не жертвами. В конце XIX века в Англии первые последователи Армии Спасения стали объектом такой же враждебности. Только за один год 600 «солдат» Армии подверглись нападению со стороны «хулиганов», которые, как считают члены Армии Спасения, были направлены влиятельной пивоваренной промышленностью. И с другой стороны, в течение нескольких лет примерно такое же количество служащих из Армии Спасения были заключены в тюрьму по такому весьма сомнительному и, вероятно, сфабрикованному обвинению, как препятствование проезду по шоссе. В Швейцарии
В начале XX века враждебное отношение к некоторым новым религиям выразилось в другой форме: Христианская наука была резко осуждена за проведение духовного исцеления и за позицию отрицания значимости материи, но осуждение в основном было сделано в литературе — это и сатира Марка Твена, и бешеные нападки со стороны известного историка X. Фишера, и настоящая коллекция выражающих враждебную оценку трактатов, составленных священниками и врачами. Кроме того, ту же оценку, но в более лёгкой форме, выражали памфлеты, карикатуры и сатирические новеллы. Нетерпимость по отношению к Свидетелям Иеговы, ещё считавшимся новым течением в первой половине XX века, часто выражалась в физической форме. Им пришлось переносить массовые нападения в Соединённых Штатах во время Второй мировой войны, в результате которых некоторых Свидетелей подвергли унизительной процедуре — их вываляли в смоле и перьях. За отказ отдавать честь флагу и петь государственный гимн их подвергали преследованиям не только в Соединённых Штатах, но и в других странах, например, в Малави, а уже в недавнее время их отказ от военной службы по религиозным убеждениям преследовали в судебном порядке во Франции, Испании и Греции. В Квебеке эта в целом законопослушная секта жестоко преследовалась представителями закона
Общим в этих примерах является то, что секты, которые становились жертвами преследований, в своё время были относительно новыми религиозными течениями и относились к меньшинству. Поскольку они отходили от предписаний официальной религии, выражали своё видение Бога, спасения и богослужения, поскольку они бросали вызов нормам современного мирского общества, они становились объектом подозрений и рассматривались как «общественно опасные» агенты.
