Церковь Саентологии — это религиозная организация с иерархической структурой и системой управления. На низшем уровне этой иерархии находятся полевые одиторы и возглавляемые ими дианетические группы. На следующем уровне находятся саентологические миссии, предоставляющие начальные дианетические и саентологические обряды. Саентологические миссии представляют собой своего рода пункты миссионерской деятельности, целью которых является привлечение новых членов. Когда миссия растёт и её деятельность расширяется, она обычно приобретает статус саентологической церкви. Священники Церкви Саентологии помогают прихожанам улаживать семейные и другие проблемы, проводят церковные церемонии Саентологии, такие как церемония наречения, брачная и похоронная церемонии. Кроме того, священники проводят воскресные службы.
Организации Сент-Хилл являются главными церквями, которые специализируются на обучении одиторов высшего уровня. Эти главные церкви расположены в Лос-Анджелесе, Сиднее, Ист-Гринстеде (Англия) и Копенгагене. Духовной штаб-квартирой всех саентологов в мире является Обслуживающая организация Флага в Клируотере (Флорида), которая предоставляет церковные услуги самого высокого уровня. Обслуживающая организация флагманского корабля предоставляет одитинг высшего уровня (ОТ VIII). Это происходит на корабле «Фривиндз», курсирующем в Карибском море.
Функции материнской церкви выполняет Международная Церковь Саентологии, расположенная в Лос-Анджелесе, которая планирует международные миссионерские кампании, составляет учебные материалы, а также переводит работы Хаббарда на разные языки.
