5 апреля 2007 года Европейский суд по правам человека вынес единогласное и знаменательное решение в пользу саентологической церкви, подтвердив право саентологов и их религиозных объединений на религиозную свободу. Это решение действительно на всей территории сорока шести стран, включая Россию, подписавших и ратифицировавших Европейскую конвенцию о защите прав человека и основных свобод, принятую советом Европы в 1950 году. Приняв решение в пользу Церкви Саентологии, суд подтвердил право на свободу вероисповедания не только для саентологов, но и для членов всех религий по всей Европе.
Суд по правам человека в деле под названием «Саентологическая церковь Москвы против России» (заявление № 18147/02) расценил как неправомерные и нарушающие свободу религии и объединения многочисленные отказы со стороны органов Министерства юстиции перерегистрировать Саентологическую церковь Москвы в качестве религиозной организации. Саентологическая церковь Москвы была официально зарегистрирована как религиозное объединение в январе 1994 года, но ей было многократно отказано в перерегистрации, в соответствии с законом 1997, ограничивающим регистрацию религиозных организаций, в то время как, судя по ряду судебных решений, церковь отвечает всем требованиям для получения регистрации в соответствии с данным законом.
Суд постановил:
С учётом приведённых выше выводов Суда о том, что причины, на которые ссылается управление министерства юстиции по Москве, как на оправдание для отказа в перерегистрации отделения заявителя, не являются законными, можно утверждать, что, отказав в регистрации Саентологической церкви Москвы, московские власти не действовали добросовестно и пренебрегли своей обязанностью по соблюдению нейтралитета и беспристрастности в отношении религиозной общины заявителя. В свете вышеизложенного Суд считает, что вмешательство в право заявителя на свободу религии и объединений не было оправдано. И таким образом имело место нарушение статьи 11 Конвенции, рассматриваемой в свете статьи 9.
Этот дело чрезвычайно важно, поскольку оно подтверждает, что, согласно решению Европейского суда по правам человека, Церковь Саентологии, как и другие новые религиозные объединения в европейских странах, пользуется тем же правом собраний и свободой вероисповедания, что и все другие религиозные объединения в соответствии с Конвенцией.
24 сентября 2007 года единогласное решение Суда по правам человека от 5 апреля 2007 года стало окончательным, подтвердив, что Церковь Саентологии обладает правом на свободу религии, как и любая другая религиозная организация, и находится под защитой статьи 9 Европейской конвенции по защите прав человека.
Дело Саентологическая церковь Москвы против России подтверждает и окончательно устанавливает то, что уже заявляли эксперты по правам человека, академики и многочисленные национальные суды: Саентология — подлинная религия, а Церковь Саентологии — религиозная община, имеющая право на весь набор прав человека и все религиозные свободы, которыми пользуются такие организации.
Решение по делу Саентологическая церковь Москвы против России стало вехой в борьбе за свободу религии по всей Европе и в будущем окажет воздействие на религиозные права во всех государствах, находящихся под юрисдикцией Европейского суда по правам человека.
1 октября 2009 года Европейский суд по правам человека вынес ещё одно знаменательное решение в защиту свободы вероисповедания в деле Церкви Саентологии Кимля и другие против России. Суд вынес единогласное решение в пользу двух российских религиозных групп, признав их право быть зарегистрированными в качестве религиозных организаций по законодательству России. Это решение подтвердило, что эти группы и основатели Саентологической церкви Сургута и Саентологической церкви Нижнекамска имеют право на свободу религии и свободу объединений, согласно статьям 9 и 11 Европейской конвенции по правам человека.
При вынесении этого решения суд «установил, что заявители не могли добиться признания и эффективного осуществления своих прав на свободу религии и свободу объединений ни в какой организационно-правовой форме. Первый заявитель не мог получить регистрацию саентологической группы как нерелигиозного юридического лица, поскольку российские власти сочли её религиозной общиной. Заявки на регистрацию в качестве религиозной организации, поданные первым и вторым заявителями в качестве учредителей своих групп, а также от имени третьего заявителя, были отклонены со ссылкой на недостаточный период существования групп. И последнее, ограниченный статус религиозной группы, на который они имели право и в котором существовал третий заявитель, был для них практически бесполезен, так как такая группа лишена юридического лица, прав собственности и способности защищать интересы своих членов и также серьёзно ущемлена в осуществлении фундаментальных аспектов своей религиозной деятельности. Соответственно, Суд считает, что имело место нарушение прав заявителя, согласно статье 9 Конвенции, рассматриваемой в свете статьи 11».
Европейский суд по правам человека вновь коснулся отказа российского правительства зарегистрировать саентологическую религиозную группу как религиозную организацию, в соответствии с Законом о религии 1997 года в деле Саентологическая церковь Санкт-Петербурга и другие против России (заявление № 47191/06). Саентологической группе Санкт-Петербурга было отказано в регистрации в соответствии с Законом о религии на том основании, что срок её существования к моменту регистрации был меньше требуемых законом 1997 года пятнадцати лет.
Ссылаясь на своё решение в отношении саентологических религиозных групп в деле Кимли, Европейский суд по правам человека определил, что ограниченный статус религиозных групп, которые не могут зарегистрироваться по закону о религии 1997 года, «не позволяет членам такой группы эффективно пользоваться своим правом на свободу религии, делая это право иллюзорным и теоретическим, а не практическим и эффективным». Соответственно, суд пришёл к выводу, что отказ российского правительства зарегистрировать саентологическую религиозную группу в качестве религиозной организации был вмешательством в право заявителя на свободу религии, гарантированное статьёй 9 Европейской конвенции по правам человека, рассматриваемой в свете свободы объединений, гарантированной статьёй 11 Конвенции.
«Отказав в регистрации Саентологической церкви Москвы, московские власти не действовали добросовестно и пренебрегли своей обязанностью по соблюдению нейтралитета и беспристрастности в отношении религиозной общины заявителя. В свете вышеизложенного Суд считает, что вмешательство в право заявителя на свободу религии и объединений не было оправдано. И таким образом имело место нарушение статьи 11 Конвенции, рассматриваемой в свете статьи 9».
в ЕСПЧ во имя религиозной свободы»